Už laikotarpius iki 2015 m. gruodžio 31 d. imtinai:

Pagal metinėje pajamų deklaracijoje GPM308 įrašytus duomenis apskaičiuota grąžintina arba mokėtina pajamų mokesčio suma įrašoma deklaracijos 33 laukelyje, o grąžintina arba mokėtina privalomojo sveikatos draudimo įmokų suma – 46 laukelyje.

Kai deklaracijoje GPM308 apskaičiuojama grąžintina GPM suma ir mokėtina PSD įmokų suma, grąžintina GPM permoka bus mažinama (atėmus mokėtiną PSD įmokų sumą).

Kai grąžintina pajamų mokesčio suma yra mažesnė už mokėtiną PSD įmokų sumą, pajamų mokesčio permoka pagal pateiktą deklaraciją mokesčių mokėtojui negrąžinama ir gyventojas turės sumokėti PSD įmokos skirtumą, gautą iš mokėtinos PSD įmokų sumos atėmus GPM permoką.

Taip pat mokesčiai bus įskaitomi ir esant priešingai situacijai, t. y., kai deklaracijoje apskaičiuojama mokėtina pajamų mokesčio suma ir grąžintina PSD įmokų suma. Įskaitymai bus vykdomi automatiškai, gyventojams pateikti Prašymo grąžinti (įskaityti) mokesčio permoką (skirtumą) FR0781 formos nereikės.

Privalomojo sveikatos draudimo įmokų permoka bus grąžinama tik pasibaigus metinės pajamų deklaracijos pateikimo terminui, o pajamų mokesčio permoka bus grąžinama įprasta, Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo  87 str. 7 dalyje nustatyta tvarka, atsižvelgiant į tai, kada gyventojas pateiks deklaraciją).

Išduodant atsiskaitymo su valstybės ir/ar savivaldybių biudžetais, pinigų fondais pažymas bei vykdant mokestinių nepriemokų išieškojimą, deklaracijoje apskaičiuotos mokėtina pajamų mokesčio ar privalomojo sveikatos draudimo įmokų sumos, nesumokėtos iki mokėjimo termino pabaigos, nelaikomos to mokesčių mokėtojo mokesčių nepriemoka.

 Nuo 2016 m. sausio 1 d.:

Mokesčių mokėtojo permokėtos mokesčių sumos centrinio mokesčių administratoriaus nustatyta tvarka yra įskaitomos mokesčių mokėtojo mokestinei nepriemokai padengti.

Mokesčių mokėtojo mokesčių ir baudos už AN permoka (skirtumu) negali būti įskaitomos valstybinio socialinio draudimo įmokos, o valstybinio socialinio draudimo įmokų permoka (susidariusi už laikotarpius iki 2015 m. gruodžio 31 d. imtinai) negali būti įskaitomos kitos mokesčių mokėtojo mokėjimo prievolės. Klaidingai į VMI biudžeto pajamų surenkamąsias sąskaitas sumokėta valstybinio socialinio draudimo įmoka (už laikotarpius iki 2015 m. gruodžio 31 d. imtinai) be mokesčių mokėtojo Prašymo negali būti įskaitomos kitos mokesčių mokėtojo mokėjimo prievolės.

 Neįskaityta mokesčio permoka (skirtumas) (visa ar jos dalis) gali būti grąžinta (įskaityta), jeigu ji susidarė ne anksčiau kaip per einamuosius ir prieš juos einančius penkerius kalendorinius metus, skaičiuojant pagal MAĮ 87 straipsnio 13 dalyje nustatytą tvarką. Jeigu per nurodytą laikotarpį mokesčių mokėtojas nepateikia Prašymo ir (arba) neatlieka veiksmo, liudijančio, kad jis žino apie mokesčio permokos buvimą ir siekia ją susigrąžinti (įskaityti), minėta suma nurašoma iš mokesčių apskaitos dokumentų.

Gyventojų pajamų mokesčio permoka, priklausanti grąžinti mokesčių mokėtojui pagal jo Deklaraciją, kuri skirta ankstesnių metų, 2018 metų ir vėlesnių mokestinių laikotarpių nuolatinių Lietuvos gyventojų pajamoms ir pajamų mokesčiui deklaruoti, grąžinama nustatyta tvarka, t. y. ne vėliau kaip iki atitinkamų metų liepos 31 dienos, o jei Deklaracija pateikiama, pasibaigus atitinkamos Deklaracijos pateikimo terminui, – ne vėliau kaip per 90 dienų po prašymo grąžinti mokesčio permoką gavimo dienos, jei atitinkamo mokesčio įstatyme nenumatyta kitaip.

Jeigu mokesčių mokėtojas, pageidaujantis susigrąžinti gyventojų pajamų mokestį, VMI pateikia Prašymą (FR0781), kai yra užbaigta Deklaracijos vertinimo procedūra, tai išnagrinėtos deklaruotos grąžintinos prievolės permoka grąžinama ne vėliau kaip per 30 kalendorinių dienų terminą po Prašymo pateikimo dienos.