Nuo mokesčio už aplinkos teršimą iš mobilių taršos šaltinių atleidžiami:
1. fiziniai ir juridiniai asmenys, teršiantys iš transporto priemonių, kuriose įrengtos ir veikia išmetamųjų dujų neutralizavimo sistemos;
2. fiziniai ir juridiniai asmenys, teršiantys iš transporto priemonių, naudojamų žemės ūkio veiklai, jei jų pajamos iš šios veiklos sudaro daugiau kaip 50 procentų visų gaunamų pajamų;
3. fiziniai asmenys, kurie verčiasi individualia veikla, kaip ji apibrėžta Gyventojų pajamų mokesčio įstatyme, ir savo veikloje naudoja asmenines transporto priemones;
4. fiziniai ir juridiniai asmenys, teršiantys iš transporto priemonių, naudojančių nustatytus standartus atitinkančius biodegalus, ir ateikę biodegalų sunaudojimą patvirtinančius dokumentus.

Fiziniai ir juridiniai asmenys, pateikę biokuro sunaudojimą patvirtinančius dokumentus, už išmetamą į atmosferą taršos integruotos prevencijos ir kontrolės leidime ar taršos leidime nustatytą teršalo kiekį, susidarantį naudojant biokurą, nuo mokesčio už aplinkos teršimą iš stacionarių taršos šaltinių yra atleidžiami.

Fiziniai ir juridiniai asmenys, įgyvendinantys aplinkosaugos priemones, mažinančias teršalų išmetimą į aplinką iš stacionarių taršos šaltinių ne mažiau kaip 5 procentais skaičiuojant nuo nustatyto didžiausios leistinos taršos normatyvo, Vyriausybės ar jos įgaliotos institucijos nustatyta tvarka atleidžiami nuo mokesčio už tuos teršalus, kurių kiekis sumažinamas 5 procentais, išskyrus atvejus, kai priemonei įgyvendinti yra naudojamos valstybės biudžeto lėšos, taip pat kai įgyvendinamos aplinkosaugos priemonės yra skirtos biokurui naudoti. Atleidimas nuo mokesčio galioja ne ilgiau kaip 3 metus nuo priemonės įgyvendinimo pradžios.

Jei teršalų išmetimo iš stacionarių taršos šaltinių sumažinimo priemonė nustatytu laiku neįgyvendinama arba negaunamas planuotas efektas, mokestis už aplinkos teršimą už visą laikotarpį sumokamas Mokesčio už aplinkos teršimą įstatymo nustatyta tvarka arba išieškomas Mokesčių administravimo įstatymo nustatyta tvarka.