Mokestis už aplinkos teršimą iš stacionarių taršos šaltinių mokamas pagal faktiškai per ataskaitinį laikotarpį išmestą į aplinką teršalų kiekį, už teršimą iš mobilių taršos šaltinių (išskyrus lėktuvus) – pagal sunaudotą per ataskaitinį laikotarpį degalų kiekį, už teršimą iš lėktuvų – pagal pakilimo ir nusileidimo ciklų skaičių.

Mokesčio už aplinkos teršimą gaminių ar pakuotės atliekomis mokestinis laikotarpis yra kalendoriniai metai.

Nuo 2016-01-01

Mokestis už aplinkos teršimą sumokamas ir mokesčio už aplinkos teršimą deklaracija pateikiama ne vėliau kaip pasibaigus mokestiniam laikotarpiui, iki kalendorinių metų, einančių po to mokestinio laikotarpio, vasario 15 dienos teritorinei valstybinei mokesčių inspekcijai, kurios veiklos teritorijoje mokesčio mokėtojas yra įregistruotas mokesčių mokėtojų registre.

Nuo 2012-01-01 mokestis už aplinkos teršimą gaminių ir (ar) pakuotės atliekomis mokamas pagal faktiškai per mokestinį laikotarpį teiktą Lietuvos Respublikos vidaus rinkai apmokestinamųjų gaminių ir (ar) pripildytos gaminių apmokestinamosios pakuotės kiekį.

Nuo 2010-01-01 mokesčio už aplinkos teršimą iš stacionarių taršos šaltinių mokestinis laikotarpis yra kalendoriniai metai.